Waren für die Planung der Chororgel die liturgischen Anforderungen in Chorgebet und Gottesdienst ausschlaggebend, so mussten für den Neubau der grossen Orgel zunächst einige grundlegende Entscheidungen getroffen werden. Die Übernahme des historischen Prospekts mit seinen zwei Gehäuseflügeln und dem Rückpositiv legte zwar von Anfang an eine klassische Konzeption nahe, doch galt es nun zu überlegen, das neue Instrument als Rekonstruktion bzw. Kopie der ehemaligen Kober-Orgel mit Wiederverwendung des erhaltenen Originalspieltisches oder als einen von der Kirchengeschichte her unbelasteten Neubau zu konzipieren.

Kober'sches Pfeifenwerk war mit Ausnahme von zwölf Quintaden-Pfeifen der 2'-Lage nicht mehr erhalten, eine Rekonstruktion wurde deshalb für nicht sinnvoll erachtet. Auch war man der Meinung, dass eine Kopie der ursprünglichen Disposition in unserem durch alle Phasen der Romantik und Moderne erweiterten Musikschaffen tiefgreifende Einschränkungen bedeutet hätte. Man entschloss sich deshalb zu einem Neubau unserer Zeit, wobei dem überkommenen Werkaufbau mit Hauptwerk, Rückpositiv und Pedal ein Schwellwerk romantischer Prägung beigefügt wurde. Der Bau des Schwellwerks bedingte unter anderem eine geringfügige Erweiterung der weiteren Manuale um romantische Stimmen wie beispielsweise Flûte harmonique, die in dieser Klanggestalt in einer rein barock disponierten Orgel nicht anzutreffen wäre.

Die bestehende Molzer-Orgel wurde im Sommer 1993 abgetragen. Da Molzer nur die historischen Prospektfassaden beibehalten hatte, fehlten dem originalen historischen Gehäuse neben den meisten Dächern sämtliche Seiten- sowie Rückwände, die 1959 bei der Rückversetzung der Gehäuseflügel an die Westwand beseitigt worden waren (abgeschlagene Stukkaturen künden hier noch von der Einfühlsamkeit des Vorgehens, auch wurden damals zwei bestehende Wandmedaillons verdeckt).

Nach der Restaurierung des Gehäuses, dessen Gerüst weitgehend neu erstellt werden musste, kam der Hauptprospekt mit einem rückwärtigen Freiraum von etwa 1,20 Metern wieder an seinem ursprünglichen Platz zu stehen. Neben der Verbesserung des optischen Gesamteindrucks (die Seitenwände der Gehäuseflügel ragen nun nicht mehr in die Fensterleibung hinein) hatte dies auch eine räumlich bessere Klangabstrahlung von Hauptwerk, Schwellwerk und Pedal sowie eine kürzere Distanz dieser Werke zum Rückpositiv zur Folge.

Wie unter dem Fussboden die Ausschnitte in den Balken beweisen, kam der neue Spieltisch genau an der Stelle zu stehen, an der auch Kober seinen (heute im Technischen Museum Wien) befindlichen Spieltisch aufgestellt hatte. War zunächst dessen Wiederverwendung vorgesehen, so musste man sich schliesslich - bedingt durch die vermehrte Registerzahl, den erweiterten Tonumfang sowie die Dreimanualigkeit der neuen Orgel - doch für einen Neubau entscheiden, der jedoch in seiner tischlerischen Verarbeitung und mit seinen steil steigenden Registertafeln an das historische Vorbild angelehnt wurde.

Im linken Teil des Hauptgehäuses kamen hinter dem Prospektregister Praestant 16' die Pfeifen des Hauptwerks zu stehen, an das sich das Kleinpedal sowie ausserhalb hinter dem Gehäuse auf einer eigenen Windlade der Untersatz 32' anschliessen. Der rechtsseitige Gehäuseteil beinhaltet in der Fassade Principal 16' des dahinter befindlichen Grosspedals und das Schwellwerk. Wie bei Kober birgt der Mitteltrakt einen Teil der Windanlage und des Regierwerks, während das Rückpositiv mit Praestant 4' im Prospekt seinen angestammten Platz einnimmt.

Erwähnung verdient, dass das gesamte Pfeifenwerk neu erstellt und die zwölf Kober'schen Quintaden-Pfeifen im Stift eingelagert wurden. Die Intonation besorgte Hermann Mathis, dem trotz der schwierigen Akustik der auf einer zu hohen Empore befindlichen Orgel ein überzeugendes Ergebnis gelang. Prof. Michael Radulescu nahm am 17. Dezember 1995 die Abnahme der Orgel vor, die er in seinem Gutachten an Abt Dr. Heinrich Ferenczy sowohl für das romantische, symphonische und moderne Repertoire als auch für die Darstellung der grossen Orgelwerke Bachs als repräsentativste Orgel Wiens bezeichnete.